上海新华医院和瑞金医院都是综合性医院，但重点科室不同，比如上海新华医院有10个国家临床重点专科。而瑞金医院共有45个临床学科，9个公共学科；有血液病、内分泌与代谢、心血管病、神经内科等4个教育部重点学科。此外，上海新华医院还拥有10个国家临床重点专科。
此外，上海新华医院和瑞金医院拥有不同的医疗设备，其中上海新华医院拥有SPECT、LA、DSA、MRI、一体化激光超声介入系统、氩氦冷冻手术系统、移动式术中磁共振成像系统、高压氧治疗舱和准分子激光等设备。瑞金医院在国内率先配备了PET-MR、第六代头部伽玛刀、第二代达芬奇手术机器人系统、360脑磁图、术中放疗系统、小动物PET-CT等一流设备，还拥有PET-CT、第二代64排双源CT、SPECT、SPECTCT、磁导航DSA、三维强度调谐线性气体踏板等。一大批高精尖仪器。
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