上海新华医院和复旦儿科医院属于两种不同类型的机构，上海新华医院是新中国成立以来第一所自行设计建造的综合性医院，无论儿科、妇科、眼科、皮肤科等科室均有设置； 而复旦儿科医院是以儿科为主的准医院。复旦儿科医院是一个准医院，主要以儿科为主。
此外，两个医院设置的重点科室也有所不同，比如，新华医院现有10个国家临床重点专科、国家卫生计生委儿童结石病诊治中心、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇和新生儿抢救中心、上海市产前诊断中心、上海市听力障碍诊治中心和7个上海市听力障碍诊治中心、上海市听力障碍诊治中心。听力障碍诊治中心和七上海交通大学特殊疾病诊治中心。
而复旦大学附属儿医院拥有新生儿科、重症医学科、小儿消化内科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理等7个国家临床重点专科。新生儿科、外科、心血管科、传染科等专业先后被列为卫生部临床重点学科。
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